本发明提供了一种水稻空间诱变后代的育种方法,属农业技术领域。本发明针对传统物理化学诱变技术诱变效应不理想、诱变后代育种效率不高的问题,提出一种水稻空间诱变育种方法。本发明利用返地式空间飞行器(飞船、返回式卫星、高空气球等)搭载水稻纯系干种子进行诱变,然后利用品质、抗性及分子手段对诱变形成的多个混合群体进行鉴定,筛选出诱变株系应用于育种,提高诱变育种效率。与物理化学诱变技术相比,本发明可在多个诱变混合群体中鉴定突变个体,避免了部分突变的丢失;此外,本发明从品质、抗性方面进行鉴定,避免了仅从肉眼判别的局限性,提高了诱变育种效率。