本发明为一种利用DNA熔解温度分析水稻稻瘟病抗性基因的功能标记开发，属生物技术领域。本发明针对传统的水稻Pik基因测序的检测方法，提出一种利用DNA熔解温度分析水稻Pik基因的功能标记。本发明根据水稻等位基因Pik与pik在编码区第2173碱基的C/T变异(Pita为T，pita为C)，设计功能标记Pik-C/T。利用该标记进行两轮PCR扩增，第一轮PCR以基因组DNA为模板，利用Pik-C/T-out引物扩增；第二轮PCR以稀释的第一轮PCR扩增产物为模板，利用Pik-C/T-in引物扩增。利用仪器检测第二轮PCR扩增产物DNA熔解温度，通过熔解温度高低区分Pik和pik序列差异，从而判别水稻材料的稻瘟病抗性。
