本发明公开了一种应用iTRAQ技术研究水稻响应稻瘟病菌侵染蛋白质组变化的方法,属于植物生物技术领域。本发明的方法包含以下步骤:A.植物材料与叶片蛋白的提取;B.对步骤A所得的蛋白质样品进行进一步FASP酶解、肽段标记、SCX分级及LC-MS质谱分析;C.对上步所得的质谱鉴定结果进行数据查库、定量分析,获取水稻-稻瘟病菌互作过程中整个蛋白质组的变化情况。本发明能快速和有效地筛选到与水稻抗病相关联的候选基因;很好的利用iTRAQ这一高通量、准确的蛋白质组学研究手段来研究与水稻抗病相关的候选基因;可广泛应用于植物抗病等性状的研究和开发并且结合转基因技术来培育抗病性强的植物新品种。