本发明公开了一种研究水稻与病原物互作模式的方法，属于植物生物技术领域。本发明综合应用转录组、蛋白质组及miRNA组研究水稻响应病原物侵染的互作模式的方法，其具体步骤包括：A.别取接种病原物前后不同时间点的抗病材料及感病材料的水稻叶片总RNA、Small?RNA及总蛋白；B.分别进行差异表达谱分析、差异蛋白质组学分析及miRNA鉴定及其靶基因分析；C.将三种方法鉴定出差异基因、蛋白、miRNA靶基因进行整合、关联以揭示水稻与病原物互作过程中所激活或抑制的抗、感病反应途径，从而可以较为系统的阐明水稻-稻瘟病菌的互作机制。本发明所述的方法能快速和有效地筛选到与水稻抗病相关联的候选基因。
